现任校长
田军，男，1978年3月生，中共党员，硕士研究生学历（在职），中学化学高级教师。历任北京市东直门中学教学处主任，北京市东城区教委中教科教学视导员，北京四中教学处副主任，北京市西城区教委中教科科长。曾在北师大二附中党委副书记、副校长岗位上挂职。2019年9月起任北京师范大学南山附属学校校长。
田军校长将秉持“用心做符合规律的好教育”的教育追求，带领北师大南山附校在二十年奋斗的基础上，践行“个性化的全面发展”办学理念，继续扛起历史使命，抓住发展机遇，开创学校高端优质发展的新时代。
第一任校长
陈俊辉，男，特级教师，深圳市北京师范大学南山附属学校第一任校长，从事中学数学教学研究及教育管理近40年，是全国著名的数学教育专家和中小学奥林
匹克教育专家，长期担任中国教育学会中学数学教学专业委员会常务理事和北京数学教学研究会副理事长。
2000年5月，陈校长受北师大领导的重托，奉命担任北师大南山附校校长、法人代表。五年以来，学校在教师队伍建设、课程改革、校园文化建设、教育信息化、办学特色等方面做了大量卓有成效的工作，取得了令人瞩目的成绩，实现了学校的高起点办学、高标准发展，得到了相关领导和社会各界的高度肯定和赞誉。2004年，陈校长主编了《走进新课程的探索与实践》（世界图书出版公司出版），其个人专著《创建特区品牌学校的理论与实践》也于2005年9月由北京师范大学出版社正式出版。
第二任校长
杜中臣，男，1963年出生，籍贯山东招远，中共党员，先后获得北京师范大学哲学学士、逻辑学硕士，法学博士等学位，2006年进入北京师范大学教育管
理学院博士后流动站工作。北京师范大学哲学和社会学学院副教授。2007年3月份出任深圳北京师范大学南山附属学校书记、校长。
杜中臣校长有丰富的教育教学经验和管理经验，在北京师范大学哲学和社会学院，他曾连续担任了13届班主任，并历任级主任和系副主任。在高校教学中，他一直担纲主讲19届本科和硕士研究生课程，连续指导了5届逻辑学和思想政治教育研究生。获得了很好的学生评价和学校反响。
第三任校长
彭雪花，女，1964年出生。1986年毕业于哈尔滨师范大学物理系，理学学士学位。2000年毕业于东北师范大学物理学研究班201被授予特级教师称号；北
京市物理特级教师；黑龙江省骨干教师；哈尔滨师范大学理化学院硕士研究生导师、首都师范大学教育学硕士导师；中国高等教育学会“西部教育顾问”。曾获评哈尔滨市“二十名师”、哈尔滨市优秀党员、哈尔滨市信息技术教育先进个人；哈尔滨市思想道德建设先进个人等荣誉。历任黑龙江省级重点中学哈尔滨第六中学物理教师、教学副校长、北京市丰台二中副校长等职。2011年7月起任北京师范大学南山附属学校校长。
彭雪花校长长期工作在教育一线，对物理学科教学有着独到的见解和研究的方法，有着丰富的教学经验和成熟的学科教学思想，多篇科研论文获国家及省市级奖励。在学校管理工作中，彭校长敢创新，思路清，效率高。就职北师大南山附校以来，彭雪花校长提出“外塑形象、内铸品质”的发展理念，着力提升学校核心竞争力，全面加快学校改革与发展的步伐，带领学校进入了一个可持续发展的崭新的历史阶段。
